El actual templo comenzó a levantarse en 1955, y las obras se prolongaron hasta 1972. En 1966, el Arzobispo de Madrid Mons. Casimiro Morcillo, pidió a los salesianos convertir la iglesia en parroquia para atender las necesidades pastorales del entorno. El mismo año y mes, pero día antes, también se convertía en parroquia la iglesia de San Francisco de Sales de Salesianos Estrecho.
En 1982, la Inspectoría salesiana de Madrid declara Santuario Inspectorial de María Auxiliadora, el templo de Ronda de Atocha. Además, en 2008 se colocaron aquí los restos de los mártires de la Inspectoría Céltica, creándose la Capilla de los Mártires.
Antes del inicio de la misa, se emitía un reportaje, a las 10’30, sobre la obra salesiana de Atocha, que el equipo del programa El Día del Señor, grabó y elaboró hace unas semanas.
